Museet har funnet rom til en utstilling om havens og anleggets historie. Den befinner seg riktignok i en ikke altfor vel vedlikeholdt bygning bak drivhusene, et stykke unna de store naturhistoriske museene. Plasseringen kan indikere at den historiske tematikken ikke oppfattes som den mest sentrale for et anlegg som dreier seg om natur og naturhistorie.
Navnet – Cabinet d'Histoire – forteller at dette ikke bare dreier seg om å formidle havens historie, men også om et ønske om å ta i bruk den historiske formen som ordet "kabinett" indikerer. Både naturalie- og kunstsamlinger ble betegnet med dette ordet i den perioden da haven og samlingene ble anlagt. Utstillingen er ikke stor. Den begynner med å skildre havens første utforming som le jardin du Roi i 1640-årene, den gang området lå langt unna sentrum i Paris. Utstillingens hovedrom er viet Buffon og utvidelsene av både haven og de vitenskapelige ambisjonene som foregikk i hans tid. Feiringen av en stor mann blir en hovedsak for utstillingen.
Havens utvikling i den påfølgende tiden, under revolusjonen, får liten oppmerksomhet, og egentlig slutter historiefortellingen nokså brått omtrent ved den franske revolusjonen. Billedmateriale som blant annet viser taxidermistenes preparering av dyr for utstilling i museet gir imidlertid fine – men altfor små – innblikk i det faglige arbeidet ved museet. Et stort kart fra tidlig 1800-tall forteller "hvordan det gikk", men at historien skulle strekke seg ut over denne perioden og opp til nåtiden, er ikke gjort til noe tema. De to siste rommene er viet kunstnere som har arbeidet med dyrefremstillinger (bilder og figurer) på 1900-tallet. Mange av arbeidene er flotte, men man kan lure litt på hvorfor dette materialet er trukket inn i en fremstilling av havens og museumsanleggets historie.
Ideen om et "historisk kabinett" er god, og utstillingen godt laget. Museet har fine ting å vise frem, og i tillegg en spennende historie å formidle. Det kunne bare vært mye mer! Og kanskje burde utstillingen også vise tydeligere refleksjoner omkring hvorfor historien er viktig, hvordan den kan formidles og hva slags kunnskapsprosjekt haven og museene har vært. Etterhvert finnes det flere spennende undersøkelser av eldre naturhistoriske samlinger og museer – som Paula Findlens og Carla Yannis bøker. De gir perspektiver og muligheter for sammenligninger. Ikke minst gir Emma Sparys grundige undersøkelse av Jardin des Plantes før, under og etter revolusjonen mye kunnskap som denne utstillingene kunne ha trukket veksler på, og funnet perspektiver til å formidle en enda mer spennende historie.